煤炭行业税负过重。税制改革后，煤炭行业增值税综合税率大体在8.5％左右，远远高于全国其它工业行业。
煤炭价格与价值长期背离。长期以来，我国产品价值的理论和实践一直沿袭“压上游、保下游”的做法，将重工业中创造价值的一部分，放在轻工业和其他生产部门去实现，主张对生产资料采取低价政策。即便是走向市场以来，能源价格形成机制也存在较大缺陷，占煤炭消费总量50%以上的电煤价格始终没有完全放开。这种造成行业效益转移的政策长期影响煤炭产业，致使煤矿效益低下，长期处于亏损补贴和困难境地。
煤炭成本核算办法不合理。主要表现在标准偏低、内容不全、项目缺失。安全生产费用提取标准低，致使有的企业想在安全上进行更大的投入却没有资金列支渠道；资源成本、环境成本、发展成本以及改革、稳定成本都未纳入核算内容。这种成本核算办法，不能真实反映煤矿实际需要，严重制约了煤矿的安全、稳定和发展。
煤矿工资政策不合理。长期以来，我国实行“高就业、低工资”和“两低于”的工资政策。煤炭生产有其特殊性，煤矿效率和效益低，企业经历较长时期的困难，职工收入一直低于其他工业行业。2004年，规模以上煤炭企业在岗职工月平均工资约1400元，大大低于电力、石油等相关行业的平均工资水平。至今，国有重点煤矿仍拖欠职工工资24.45亿元。
据不完全统计，截止2004年，国有煤矿“一通三防”安全欠账235.7亿元。45户安全重点监控企业安全欠账197.4亿元。其中：通风系统66.4亿元；瓦斯治理100.2亿元；防灭火系统15.5亿元；防尘系统4.5亿元；热害防治12.6亿元。
矿井防灾抗灾系统不合理、不健全。国有重点煤矿需要补掘通风巷道超过47万米，扩修巷道超过41万米；需要增补地面抽采系统228套，井下抽采系统285套；需要更新监测监控系统228套，占现有系统数量的42%；需要增补自燃发火预测预报系统105套、灌浆系统205套、注氮系统145套；需要增补防降尘系统达183套，防尘管路近110万米。
瓦斯治理装备急需更新改造。国有重点煤矿需要增补和改造主扇风机、局部
